پژوهشگاه دانش‌های بنیادی با همکاری انجمن فیزیک ایران از سال 1390 به رساله‌های برتر دکتری فیزیک که در داخل کشور تهیه شده باشند جایزه‌ای به نام «جایزۀ علیمحمدی» اعطا می‌کند. این جایزه به پاس خدمات علمی و دانشگاهی شهید دکتر مسعود علیمحمدی استاد فقید دانشگاه تهران و اولین دانش‌آموختۀ دکتری فیزیکِ داخل کشور، از جمله نقش مؤثرش در زیرساخت علمی پژوهشگاه دانش‌های بنیادی و تلاش‌های وی برای برپایی تحصیلات تکمیلی در ایران، به نام او نامگذاری شده است. انتخاب برندگان این جایزه با همکاری انجمن فیزیک ایران صورت می‌گیرد.
نظر به اثر مثبتی که اعطای جایزۀ علیمحمدی در رشتۀ فیزیک در میان محققان جوان و مستعد داشته و برای تداوم خاطرۀ شهید علیمحمدی، پژوهشگاه دانش‌های بنیادی از سال 1395 اعطای این جایزه را به رشتۀ ریاضی نیز تسرّی داده است تا انگیزۀ بیشتری برای ارائۀ رساله‌های دکتری ارزشمندتر در ریاضیات ایجاد شود. انتخاب برندگان این جایزه با همکاری انجمن ریاضی ایران صورت می‌گیرد.

شرايط شرکت و نحوة انتخاب :
این جایزه در سال 1397 به رساله‌های دکتری برگزیده که در داخل کشور تهیه شده و طی سال های 1394 الی 1396 مرحلۀ دفاع را گذرانده باشند، اعطا می‌شود.
برای ورود به مرحلۀ داوری، لازم است کارهای پژوهشی انجام‌شده در دورۀ دکتری و رسالۀ حاصل از آن، به تشخیصِ حداقل سه عضو هیئت علمیِ استادیار به بالا، که استاد راهنمای رسالۀ دکتری نیز یکی از آنان است، به عنوان «رسالۀ ممتاز» شناخته شده باشد. نامزدی هر شرکت‌کننده باید کتباً توسط استاد راهنما با ذکر اطلاعات مربوط به متقاضی، دلایل، مستندات، و مقالات مستخرج از رساله و همچنین نام و نشانی حداقل دو عضو هیئت علمیِ دیگر که بتوانند مؤید نامزدی رسالۀ مربوطه باشند اعلام شود. مدارک و مستندات متقاضیان لازم است تا تاریخ 30 بهمن‌ماه 1396 در فرم ثبت‌نام بارگذاری شود.